I Bizantini e il rito ortodosso
Nel V secolo dopo cristo l'impero romano si sfasciò in due. Quello orientale, con capitale Costantinopoli, assunse la denominazione di impero Bizantino, comprendente la penisola balcanica, l'Asia Minore, il Medio Oriente e una parte dell'Africa settentrionale. Nel 527 l'imperatore d'oriente, Giustiniano,tentò di riportare alla sua antica grandezza l'impero romano riconquistando quello occidentale, occupato ora dai barbari. Per ben 18 anni (535-553 d.c) fu in guerra con i goti stanziati in Italia riportando una estenuante vittoria. Il problema a questo punto era rappresentato dai Longobardi i quali, intorno al 568 erano riusciti a conquistare il centro-sud del nostro Paese. Dopo anni di scontri con i Longobardi, i Bizantini alla fine riuscirono ad ottenere solo il controllo del Salento.
L'idea di ripristinare il grande impero romano pertanto fu abbandonata a causa anche dei seri pericoli causati dai saraceni che stavano iniziando ad insidiare l'isola di Creta, Cipro ed altri avamposti dell'impero.
Iniziava ad accentuarsi così il carattere orientale dell'impero e fu adottato il greco come lingua ufficiale, ponendo dunque fine al bilinguismo latino-greco. Anche la Chiesa orientale si andava allontanando da quella occidentale.
Nel 726 l'imperatore Leone III entrò in contrasto con il Papa allorché proibì la venerazione, ritenuta pagana, delle immagini sacre e ne ordinò la distruzione; da allora i rapporti tra Roma e Bisanzio (Costantinopoli) furono sempre critici culminando, tre secoli più tardi, nella scisma tra la Chiesa occidentale e quella orientale, che segnò la nascita della religione ortodossa. Per questo motivo si scatenò una sanguinosa guerra civile accompagnata da cruenti massacri a cui migliaia di monaci e gente comune cercarono di sottrarsi fuggendo nel Salento.
I monaci giunti nel Salento si dedicarono alla costruzione di conventi (la cui liturgia seguiva lo stile greco-ortodosso) , alla bonifica dei terreni paludosi, al lavoro dei campi e alla produzione del vino e dell'olio. Nello stesso tempo aiutarono la popolazione locale a costruire tutte le opere necessarie alla vita domestica come ad esempio le fosse granarie, il palmento, il trappeto, la stalla, la cisterna, il pozzo.
A causa del grande clima di insicurezza dovuto alle scorribande dei saraceni, longobardi, bizantini, si riscoprì l'abitazione in grotta che divenne il centro della vita di comunità. Attorno a queste grotte spesso nascevano dei veri e propri villaggi costituiti da piccole casette in pietra che venivano utilizzate solo per dormire, dal momento che si lavorava per i campi quasi tutto il giorno.
A Mesagne i Bizantini costruirono, intorno al VI-VII secolo dopo cristo, una cripta dedicata a San Michele Arcangelo. Essa fu ricavata in una grotta naturale sulla quale oggi sorge la maestosa Basilica del Carmine . Dello stesso periodo pare essere anche il Tempietto di San Lorenzo che sorge nei pressi dell'antica via appia.
Sul finire del VII secolo d.c Longobardi e Bizantini giunsero ad un accordo di pace che prevedeva la spartizione dei territori occupati: ai Bizantini restava il Salento meridionale mentre il resto della regione andò ai Longobardi. La linea di confine, detta Limitone dei greci, fu costruita dai Bizantini utilizzando migliaia di macigni e pietre a secco. Questa linea fortificata, in molti punti ancora visibile, va da Torre Barraco a Torre Rinalda passando per i comuni di Sava, Manduria, Oria, Mesagne, Cellino San Marco e San Pietro Vernotico.
Intorno all'XI secolo però la Chiesa Romana iniziava a mal sopportare la presenza dell'eresia del rito greco sul territorio nazionale. Per questo motivo la Chiesa di Roma chiese aiuto ai Normanni e promise loro il pieno potere sui territori meridionali nel caso in cui avessero scacciato i bizantini dal suolo italico. Cosa che poi avvenne.